口腔内だけでなく消化管の炎症も体に大きな影響を及ぼします。消化管の炎症は、炎症物質が血液中に入って肝臓の炎症の原因になったり、腸粘膜を傷つけてリーキーガット症候群の原因になったりします。腸の炎症は血液検査では分かりにくく、便の消化器総合検査（CASA_2.0）が多くの情報をもたらしてくれます。（オフィスひめの通信38号も参照）
消化器総合検査では二つの炎症マーカーを測定します。好酸球蛋白X（EosinophilProteinX）は好酸球が分泌する物質です。主にアレルギー性の炎症をみます。炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎など）、寄生虫、慢性的下痢、アレルギー、リーキーガット症候群、アトピー、アルコールの過剰摂取などで上昇します。
カルプロテクチン（Calprotectin）は主に好中球に存在する物質です。炎症を伴わない過敏性大腸炎と炎症性の腸疾患の区別をするために有用なマーカーです。大腸がん、ポリープの際に上昇することもあり、カルプロテクチンが高値の場合には原因を診断するための大腸内視鏡検査が必要となります。炎症性腸疾患の再発を早期に発見したり、改善効果をみたりするのにもよいマーカーです。
消化管に炎症が存在すると、肝臓の働き、副腎の働き、そして脳の働きに影響が出ます。腸の状態が悪いままたんぱく質をたくさん摂ると、腸内環境が返って悪化し症状が強くなることもあります。まず炎症の改善、そして粘膜の再生と腸内細菌叢の改善が根本改善への道筋です。
